En Itapúa la mejor opción para estudiar esta carrera, es en la Facultad de Medicina, que fue creada como institución de nivel universitario dentro del marco general de la creación de la Universidad Nacional de Itapúa por Ley N° 1009/96, Resolución del Consejo de Universidades No 35-02-96 ( A.S. No 35-07-11-96).

La Facultad de Medicina inició sus clases el 14 de marzo de 1997 y consta de seis cursos; del 1o al 5o curso se desarrollan las materias básicas, pre-clínicas y clínicas. El 6to curso se destina al Internado Rotatorio y Pasantía Supervisada, ambos implementados dentro del Departamento de Itapúa, y grandes hospitales de Asunción.

Por Resolución No 90 de 18 de octubre de 2011, fue acreditada por la Agencia Nacional de Evaluación y Acreditación de la Educación Superior, en el Modelo Nacional y por el Acuerdo No 14 de la misma fecha, por Sistema de Acreditación Regional de Carreras Universitarias para el MERCOSUR, ARCU SUR.

El nivel académico de la Institución se ha fortalecido con la obligatoriedad de contar con Docentes que son capacitados con cursos de Posgrado. Así mismo cuenta con un Staff de Profesores Investigadores y de Profesores escalafonados hasta Profesor Adjunto, suma al perfil de una Facultad cuya calidad se halla en un sitial prestigioso y privilegiado en el escenario Nacional.

El Curso Probatorio de Ingreso (CPI) se implementa cada año para seleccionar a los ingresantes a la Facultad de Medicina de la UNI. Postulan aproximadamente 400 estudiantes que compiten por una de las 45 plazas habilitadas. El método de selección es a través de un examen de selección múltiple de 2hs de duración, donde se proponen 80 ejercicios al estudiante, sobre temas que versan sobre las materias de: Biología y Anatomía, Química orgánica e inorgánica, Matemáticas, Física, Guaraní, Estudios Paraguayos (Historia y Geografía del Paraguay) y Castellano.